La Uefa ha escluso cinque squadre dalle prossime competizioni continentali.  Le socieà greche del Giannina e del Panathinaikos sono state escluse dall'Europa League. L'organo per il controllo finanziario dei club, infatti, ha ritenuto che che la licenza concessa  dalla federazione nazionale per partecipare alle competizioni europee non sia stata emessa secondo i regolamenti Uefa per una mancata conformità ai criteri finanziari. Il Giannina aveva diritto a partecipare all'Europa League per meriti sportivi mentre il Panathinaikos era la prima candidata a prenderne il posto in virtù della classifica. Le società potranno presentare ricorso al Tribunale Arbitrale dello Sport.

Per questioni legate allo scandalo calcioscommesse (soprattutto in ralazione alla finale di Coppa di Turchia 2011) invece la Commissione Disciplinare e di Controllo Uefa  ha condannato Fenerbahçe SK (Turchia), Beşiktaş JK (Turchia). Il Beşiktaş non potrà partecipare all'Europa League 2013/14. Il Fenerbahçe non potrà partecipare alle prossime tre competizioni Uefa per club per le quali si qualificherà, inclusa la Champions League 2013/14. La squalifica per la terza stagione viene sospesa per un periodo probatorio di cinque anni. Per quanto riguarda la  FC Steaua Bucureşti (Romania) la commissione Disciplinare ha stabilito, sempre per questioni inerenti presunti episodi di combine, che non potrà partecipare a una futura competizione europea per la quale  si dovesse qualificare (sanzione sospesa per un periodo probatorio di cinque anni). Tutti i club possono presentare ricorso alla Commissione di Appello Uefa.